一、樹干上的不同

圓柏的直徑大約可以達到3.5米，樹皮的外表顏色比較深，為深灰色，從遠處看外型上呈現出長尖塔形，枝條像不同的方向均勻的分布，小枝一般比較直立或者是稍微的形成弧狀的彎曲。

側柏的直徑為1米左右，樹皮比較薄，外表顏色為淺灰褐色，較淺一些，從遠處看外型上呈現出圓錐的形狀，小枝條比較的纖細，幾乎向一個方向延伸，排成一個平面。

二、花朵上的不同

圓柏的雄花呈現橢圓形，長度大約2.5到3.5毫米左右，雄蕊一般為5到7對。

側柏的雄花呈現卵圓形，長度大約為2毫米，雌花為近球形，直徑大約2毫米，顏色為藍綠色，上面覆蓋著白粉。